Atom ve Molekül Fiziği Anabilim Dalı, moleküler düzeyde biyolojik ve kimyasal etkileşimleri hesaplamalı yöntemlerle inceleyen çok disiplinli çalışmalar yürütmektedir. Biyomoleküllerin yapı ve dinamik özelliklerinin anlaşılması, biyolojik işlevlerin aydınlatılması, hastalık mekanizmalarının modellenmesi ve ilaç adayı yeni kimyasal ajanların tasarımı gibi çeşitli araştırma alanlarında; moleküler docking, moleküler dinamik simülasyonları, ADME/Tox analizleri, homoloji modellemeleri ve Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi (DFT) gibi in silico yaklaşımlar etkin biçimde kullanılmaktadır. Bu çalışmalar; PyRx, AutoDock Vina, GROMACS, Gaussian, AlphaFold, I-TASSER ve SWISS-MODEL gibi yazılımlar aracılığıyla yürütülmekte; moleküller arası bağlanma afiniteleri, konformasyonel değişimler, serbest enerji hesaplamaları, farmakokinetik profiller ve elektronik yapı özellikleri gibi parametreler çok yönlü biçimde analiz edilmektedir.

Bu doğrultuda Anabilim Dalımız, hesaplamalı bilimlerin sunduğu olanakları kullanarak biyolojik ve kimyasal sistemlerin anlaşılmasına yönelik kapsamlı ve yenilikçi çözümler üretmekte; disiplinler arası iş birliklerine açık, dinamik bir araştırma ortamı sunmaktadır.